4. Trong thời gian đang thực hiện miễn thuế, giảm thuế, nếu cơ sở kinh doanh thực hiện nhiều hoạt động sản xuất kinh doanh thì phải theo dõi hạch toán riêng thu nhập của hoạt động sản xuất kinh doanh miễn thuế, giảm thuế. Trường hợp cơ sở kinh doanh không hạch toán riêng thì phần thu nhập của hoạt động sản xuất kinh doanh miễn thuế, giảm thuế xác định bằng (

tổng thu nhập chịu thuế nhân (x) với tỷ lệ phần trăm (%) của doanh thu hoạt động sản xuất kinh doanh miễn thuế, giảm thuế so với tổng doanh thu của cơ sở kinh doanh trong kỳ tính thuế.
Trường hợp trong năm quyết toán thuế, cơ sở kinh doanh có các hoạt động sản xuất, kinh doanh vừa có hoạt động lãi, vừa có hoạt động lỗ (trừ hoạt động chuyển nhượng quyền sử dụng đất, chuyển nhượng quyền thuê đất, chuyển nhượng vốn, hoạt động đầu tư ở nước ngoài) thu nhập chịu thuế được xác định như sau:
- Nếu hoạt động sản xuất kinh doanh có lãi thuộc diện miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp, thì cơ sở kinh doanh có thể lựa chọn:
+ Hạch toán riêng lãi của hoạt động ưu đãi để thực hiện miễn thuế, giảm thuế theo quy định, hoạt động lỗ được chuyển lỗ theo chế độ quy định;
+ Lấy lãi của hoạt động đang được ưu đãi để bù lỗ cho hoạt động khác, nếu còn lãi thì ưu đãi, nếu còn lỗ thì chuyển lỗ;
- Nếu hoạt động kinh doanh miễn thuế, giảm thuế bị lỗ thì bù lỗ từ hoạt động kinh doanh có lãi.
Sau khi bù trừ, phần thu nhập còn lại áp dụng thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp theo mức thuế suất của hoạt động kinh doanh có thu nhập.