Tổng công ty, Công ty có các cơ sở trực thuộc, việc kê khai thuế GTGT phải nộp thực hiện như sau:
a. Các cơ sở hạch toán độc lập và các cơ sở hạch toán phụ thuộc như Công ty, xí nghiệp, nhà máy, chi nhánh, cửa hàng có tư cách pháp nhân không đầy đủ, có con dấu và tài khoản tại Ngân hàng trực tiếp bán hàng hoá, dịch vụ, phát sinh doanh thu phải kê khai, nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ tại địa phương nơi cơ sở kinh doanh đóng trụ sở.
b. Trường hợp cơ sở hạch toán phụ thuộc ở khác địa phương nơi đóng trụ sở chính của Văn phòng công ty, Tổng Công ty, không có tư cách pháp nhân, không có con dấu và tài khoản tiền gửi tại ngân hàng trực tiếp bán hàng hoá, dịch vụ, phát sinh doanh thu thì Công ty, Tổng Công ty có trách nhiệm đăng ký cấp mã số thuế cho cơ sở hạch toán phụ thuộc, cơ sở hạch toán phụ thuộc sử dụng hoá đơn của đơn vị cấp trên; Công ty, Tổng Công ty sử dụng Tờ khai thuế GTGT (theo mẫu 07C/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này) để kê khai, nộp thuế GTGT tại địa phương nơi phát sinh doanh thu theo tỷ lệ 1% trên doanh thu chưa có thuế GTGT đối với hàng hoá, dịch vụ thuộc đối tượng áp dụng thuế suất 5%, tỷ lệ 2% trên doanh thu chưa có thuế GTGT đối với hàng hoá, dịch vụ thuộc đối tượng áp dụng thuế suất 10%. Tổng Công ty, Công ty có trách nhiệm kê khai, xác định số thuế GTGT chính thức phải nộp theo chế độ quy định với cơ quan thuế nơi đóng trụ sở chính. Số thuế GTGT cơ sở hạch toán phụ thuộc đã nộp tại địa phương được tính vào số thuế GTGT đã nộp khi Công ty, Tổng Công ty kê khai nộp thuế GTGT tại Văn phòng trụ sở chính.”